段木基質(zhì)變質(zhì)主要是裝袋時(shí)氣溫較高，裝袋后放置時(shí)間過(guò)長(zhǎng)，沒(méi)有及時(shí)滅菌；料袋滅菌時(shí)升溫時(shí)間過(guò)長(zhǎng)；段木基質(zhì)水份含量過(guò)大，均可造成段木基質(zhì)變性發(fā)酸等。塑料袋質(zhì)量差塑料袋太薄（0.035mm以下），質(zhì)量差,段木塊毛刺多，裝袋、接種及運(yùn)輸過(guò)程中未輕拿輕放或機(jī)械破損，致使菌袋出現(xiàn)孔，造成污染。 罩膜初鼓起時(shí)，未放冷氣；袋破或底層袋泡水或扎口太松造成水袋；常壓滅菌保持時(shí)間不夠、溫度不夠或中間加水降至100弋以下時(shí)間太長(zhǎng)；罩膜漏氣，溫度達(dá)不到要求值。接種時(shí)料溫太高接種時(shí)料袋溫度太高，超過(guò)菌種所能承受的溫度范圍，造成菌種被燙傷或燙死后不萌發(fā)并感染雜菌。培菌環(huán)境不良主要是培養(yǎng)室內(nèi)濕度過(guò)大，通風(fēng)不良，環(huán)境不潔，甚至有鼠害。個(gè)別芝農(nóng)在培養(yǎng)室內(nèi)灑水并使地面上存有積水，空氣相對(duì)濕度超過(guò)70％，利于雜菌滋生。

后期管理控制溫度在22—28 空氣相對(duì)濕度在90%—95%，每天澆水一次，做到濕而不見(jiàn)水，忌長(zhǎng)時(shí)期積水，同時(shí)做好通風(fēng)管理，靈芝原基生長(zhǎng)迅速，日生長(zhǎng)速度可達(dá)0.5-1cm，邊緣向外擴(kuò)展，形成菌蓋，菌蓋邊緣乳白色，菌蓋一圈圈向外擴(kuò)散生長(zhǎng)。采收經(jīng)過(guò)20d左右，靈芝菌蓋邊緣乳白色-乳黃色圈消失，菌蓋開(kāi)始革質(zhì)化，呈棕色，表明菌蓋已停止生長(zhǎng)，但還可進(jìn)行加厚生長(zhǎng)。菌蓋下面子實(shí)層內(nèi)彈射出棕紅色擔(dān)孢子時(shí)，表明子實(shí)體已成熟，即可采收。采收時(shí)用鋒利的小刀或果技剪在菌柄0.5-1cm處割取。采收后的子實(shí)體應(yīng)及時(shí)曬干或烘干，然后裝袋入庫(kù)儲(chǔ)藏。