發(fā)菌以“井”字形堆疊，高約1m，底部用石塊或廢木墊空，要求堆內(nèi)溫度控制在20兀以上、28兀以下，晴天中午氣溫高時應撐膜通風降溫。每周將段木上下、內(nèi)外翻動1次，促進發(fā)菌均勻。約經(jīng)30d，接種穴和樹皮下長滿菌絲，發(fā)菌結束。埋土養(yǎng)菌及子實體發(fā)生選排水良好、有水源或樹蔭下作菌床，畦床寬1.2m，深20cm。將段木橫向排放在菌床內(nèi)，段木間距5cm，以無雜質(zhì)的細壤土填沒段木間隙，而后上面覆2cm的土層。搭蔭棚離菌床高60cm，棚上蓋稀草簾，外覆薄膜，防止直射光和大雨沖刷。這段時間，減少水分供給，養(yǎng)菌約30d。當段木兩端斷面上具有黃白色菌絲即進入子實體發(fā)生階段，增加空間的濕度，晴天噴水1~2次，保持土壤濕潤。7月初子實體陸續(xù)發(fā)生。第2年5~7月盛產(chǎn)，第3年仍有子實體產(chǎn)生。

污染原因芝棒污染的根本原因是競爭性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來主要有以下幾個方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個表現(xiàn)，這是芝棒污染的內(nèi)因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過長，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時間長；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細無力，擴展緩慢。栽培季節(jié)安排不當一是芝棒制作及接種期安排過晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內(nèi)溫度達到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機感染。二是芝棒制作及接種期安排過早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過芝的老袋以及當年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場旁邊晾曬，沒有及時清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚，造成環(huán)境污染。